Si ha notizia dei Cappuccini a Fano dal 1530 quando si insediarono nell’eremo già esistente di S. Elia, distante circa dieci chilometri dalla città. Sembra che nel 1535 venisse edificato un primo convento in sostituzione e sullo stesso luogo dell’eremo. Nel 1567 i frati chiesero contributi per costruire un altro convento presso l’Oratorio di S. Cristina Vergine e Martire in località Rosciano che venne consacrato nel 1568 sotto il nome appunto di S. Cristina.
Nel 1591 i frati costruirono un ospizio per gli infermi presso le mura della città dove venne elevato nel 1596 un ulteriore convento, ancora sotto il titolo di S. Cristina. L’Inchiesta del 1650 segnalava 34 celle, 3 infermerie, una “cappelletta”, la “libreria” e “officine necessarie”; vi risiedevano 20 religiosi, di cui 12 sacerdoti, 2 chierici e 6 laici. Nel 1723 la chiesa venne ristrutturata. Il convento subì la prima e la seconda soppressione nel 1810 e nel 1866; successivamente i Cappuccini costruirono, nel 1882, un quinto convento lungo via Roma (Flaminia), che nel 1912 venne rilevato dalla Santa Sede per aprirvi nel 1923 il seminario regionale (ancora oggi presente). La chiesa venne consacrata nel 1896.
Il giorno 6 dicembre 1922 la Famiglia religiosa dei Cappuccini di Fano “dopo tante tribolazioni” lascia definitivamente il convento di via Flaminia e si trasferisce nella parrocchia di San Nicolò, in San Paterniano (convento, che era dei Canonici Lateranensi), benignamente concesso loro da Mons. Giustino Sanchini Vescovo di Fano.