Il monumentale Organo della basilica di San Paterniano è opera di Gaetano Callido. Costruito nel 1775, n° d’opera 103, è giunto pressoché integro e funzionante sino al necessario intervento di restauro della ditta Francesco Zanin di Codroipo (UD) iniziato nel giugno del 2003 e conclusosi con il concerto inaugurale del 3 luglio 2005. La straordinaria imponenza dello strumento all’interno del contesto architettonico della basilica è senz’altro dovuta alla magnificenza della cornice di cassa e cantoria compiute nel 1562, nel lato sinistro del transetto, dalla bottega di Giacomo Maffei per accogliere lo strumento – oggi non più esistente – commissionato due anni prima all’organaro piacentino Gian Giacomo Calvi. Con l’edificazione della Chiesa, i Canonici Lateranensi risolsero di dotare l’edificio di un grande organo per le proprie esigenze musicali. L’organo doveva essere ultimato “per tutto il termine di mesi nove, che sarà per tutto il mese de septembre 1560”, invece fu ultimato nel 1563, sotto la guida dell’abate Urbano da Ferrara. Di tali vicende viene data notizia nell’epigrafe commemorativa murata al di sotto dello strumento e riportata sul fregio di base del parapetto della cantoria, in cui Don Urbano da Ferrara risulta il vero animatore e promotore dell’organo: “D[OMINUS] · URBANUS · FERRARI[A]E · ABBAS · IIM · COMUN[…] NI · CANONICOR[UM] · SUOR · AERE · ORGANUM · S[ANCTI] · PATERNIANI · FANEN[SIS] · FACIEN[DUM] · CU[RAVIT] · ANNO · SALUT[I]S · M · D · LXII[…]”. Il primitivo organo doveva essere di 11 piedi e di 9 registri (il Principale – di stagno ed in facciata – , l’Ottava, la Decimaquinta, la Decimanona, la Vigesimaseconda, la Vigesimasesta, la Vigesimanona, il Flauto in ottava col principale ed il Flauto in duodecima) con tastiera di 47 tasti (probabilmente da Fa a Fa priva dei primi 2 cromatici) e somiere a vento, alimentato da quattro mantici, alloggiati forse nella stanza retrostante l’organo.